Phân bón hữu cơ có bổ sung vi sinh vật có lợi là sản phẩm được sản xuất từ các nguồn nguyên liệu hữu cơ khác nhau, nhằm cung cấp chất dinh dưỡng cho cây trồng, cải tạo đất, chứa một hay nhiều chủng vi sinh vật sống, góp phần nâng cao năng suất, chất lượng nông sản.
Phân hữu cơ vi sinh vật không gây ảnh hưởng xấu đến người, động vật, môi trường sinh thái và chất lượng nông sản. Bên cạnh việc cải thiện năng suất cây trồng cũng như phẩm chất nông sản, hiệu quả của phân hữu cơ vi sinh còn thể hiện qua việc cải thiện tính chất đất bao gồm đặc tính vật lý, hoá học và sinh học đất.
Chất hữu cơ còn là nguồn thức ăn cho các loài sinh vật sống trong đất. Phần lớn vi sinh vật trong đất thuộc nhóm hoại sinh. Nguồn thức ăn chủ yếu của nhóm này là dư thừa và thải động thực vật. Cung cấp chất hữu cơ giúp duy trì nguồn thức ăn, tạo điều kiện phát triển sinh khối, đa dạng chủng loại và kìm hãm sự gia tăng của các loài vi sinh vật có hại.
Duy trì thế cân bằng vi sinh vật có lợi trong đất chủ yếu là bảo vệ và cân bằng vi sinh vật có ích, cũng như các loài thiên địch có lợi trên đồng ruộng. Do đó, thường xuyên bổ sung chất hữu cơ cho đất cũng như các nguồn vi sinh vật có lợi để tạo điều kiện thuận lợi cho bộ rễ phát triển hạn chế mầm bệnh.
Việc bón phân hữu cơ có bổ sung nguồn vi sinh vật đất như nấm Trichoderma, Azotobacter, Chetomium… sẽ làm giảm tác nhân gây bệnh thối rễ, bổ sung các nguồn vi sinh vật cố định đạm và hoà tan lân, tăng cường nguồn phân đạm cố định được và các hợp chất lân kém hoà tan trong đất trở thành những dạng hữu dụng, dễ tiêu cho cây trồng.
Canh tác nông nghiệp sạch chú trọng việc sử dụng phân hữu cơ vi sinh hạn chế hoá chất bảo vệ thực vật và phân bón hoá học góp phần cải thiện chất lượng nông sản, độ phì nhiêu của đất, đảm bảo nhu cầu phát triển bền vững trong khi vẫn đảm bảo khả năng duy trì năng suất cây trồng. Việc kết hợp các vi sinh vật có lợi trong phân hữu cơ vi sinh giúp hỗ trợ cây trồng trong việc phòng trừ các bệnh thường gặp như thối rễ, héo rũ,…
Ngoài ra, các chủng vi sinh vật có ích khác khi được bổ sung vào phân hữu cơ sinh học còn giúp cải thiện độ phì tự nhiên của đất, giảm chi phí do phân bón vô cơ. Hàm lượng carbon cao và có chất lượng trong phân hữu cơ vi sinh còn giúp cải thiện tính bền vật lý đất và hấp phụ một số nguyên tố gây bất lợi cho cây trồng. Vì thế nông dân cần chịu khó tự ủ phân hữu cơ kết hợp thêm các dòng vi khuẩn, nấm có lợi để bón vào đất trong canh tác. Ủ phân chuồng và các loại phân hữu cơ bằng nấm Trichoderma giúp xử lý nấm bệnh tồn tại trong nguyên liệu, nhanh hoai mục, bổ sung vi sinh vật có lợi cho đất và cây.