Với nhiệt độ và độ ẩm thích hợp nên tốc độ phân giải phân hữu cơ ở nước ta khá nhanh. Quá trình này diễn ra nhanh tuy có lợi về mặt dinh dưỡng cho cây nhưng cũng làm cho chất hữu cơ trong đất nhanh bị cạn kiệt.
Lượng vật chất này cạn kiệt sẽ khiến cho đất trở nên chai cứng, độ thoáng khí giảm, khả năng giữ nước kém,…
Thế nhưng hiện nay vì quá chú trọng vào năng suất nên nông dân hay đẩy mạnh việc bón phân vô cơ hóa học, lượng phân hữu cơ ngày càng được cắt giảm, mất cân đối giữa hai loại phân này khiến cho đất ngày càng ít mùn, thoái hóa, cây trồng kém năng suất và lắm bệnh tật hơn.
Do bón phân vô cơ hóa học giai đoạn đầu thì việc tăng năng suất cho cây trồng được thể hiện khá rõ nét nên nông dân lại càng tin vào phân hóa học, lượng bón ngày càng nhiều. Mặc cho lượng phân này cây trồng chỉ hấp thu được 50% lượng đạm, 30% lượng lân và 60% lượng kali.
Bón mất cân đối giữa vô cơ và hữu cơ, về lâu về dài sẽ làm mất lý tính đất (độ thoáng khí đất giảm, thoát nước kém), hệ lụy đến các vi sinh vật hiếu khí (hầu hết là vi sinh vật có ích).
VSV có ích giảm dần trong khi đó vi sinh vật gây hại (ưa sống môi trường yếm khí) ngày càng phát triển, mất cân bằng hệ vi sinh vật, rễ cây nguy cơ cao bị gây hại ảnh hưởng đến sức khỏe cây trồng.
Bón nhiều phân vô cơ hóa học cũng làm cho hệ hấp thu của đất bị phá hủy, đất bị trơ về mặt hóa học, khả năng giữ dinh dưỡng lại trong đất để cung cấp từ từ cho cây bị suy giảm, khiến cây hấp thu dinh dưỡng không đều, phát triển kém hơn.
Khi đất bị chai cứng, bộ rễ phát triển kém, khả năng hấp thu dinh dưỡng thấp và vi sinh vật gây hại gia tăng thì sâu bệnh sẽ phát sinh điển hình như bệnh vàng lá thối rễ trên cây có múi, sầu riêng, chết nhanh chết chậm trên cây tiêu,…